Veri bilimcileri yeni koronavirüsün yayılımını, evrimini hızla analiz etmek için yeni araçlar icat ediyorlar

Scripps Research, Johns Hopkins Üniversitesi ve UCLA’daki en iyi bilgisayar bilimcileriyle işbirliği yapıyor.

Geçen yıl Çin’de ortaya çıktığından beri, Bilimsel topluluk yeni koronavirüs, SARS-CoV-2 hakkında bilgi edindiği kadarıyla, pandeminin birçok önemli yönü bir sır olarak kalmıştır.

Örneğin, virüs ülkeden ülkeye veya bölgeden bölgeye nasıl geçti? Hava durumu modelleri yayılma yeteneğini etkiler mi?

Hangi demografik veya sosyoekonomik faktörler belirli nüfusları daha yüksek riske sokar?

“Sorun şu ki, bulaşıcı hastalıkları analiz etmek için mevcut araçlar bu faktörlerin hepsinin birbirine nasıl bağlı olduğunu göremiyor,”diyor Scripps Research’teki İmmünoloji ve Mikrobiyoloji Bölümü’nde profesör olan Kristian Andersen.

“En gelişmiş araçlar bile bugün elimizde olan veri miktarıyla başa çıkamıyor ya da cevaplamaya çalıştığımız soru türleri için uygun değil.”

Bu nedenle Andersen ve ortakları – Johns Hopkins Üniversitesi’nden doktora Lauren Gardner ve Kaliforniya Üniversitesi, Los Angeles’tan MD, Doktora Marc Suchard, şimdi daha iyi istatistiksel modeller ve görselleştirme yazılımı geliştirmek için çalışıyorlar.

Proje, Scripps Araştırmaları tarafından yönetilen Viral Sistemler Biyolojisi Merkezi’nden alınan operasyonlarla Ulusal Sağlık Enstitüleri’nden 1,3 milyon dolarlık hibe kazandı.

Ekip, SARS-CoV-2’nin dünya çapında nasıl hareket ettiğini ve yayılmasını ve evrimini hangi faktörlerin yönlendirdiğini gösterebilecek araçlar oluşturma çabalarına çoktan başladı.

Andersen, “Fikir her şeyi aynı anda analiz edebilmek” diyor. “Her şey” havayolu trafik modelleri, sosyoekonomik ve demografik veriler ve hava koşulları gibi çeşitli faktörleri kapsar. Ayrıca virüs genomlarından genomik verileri kapsar.

Her gün yüzlerce yeni genom araştırma veritabanlarında açıkça paylaşılmaktadır; Andersen ve arkadaşları, bu verileri, virüsün kişiden kişiye nasıl hareket ettiğini gösteren mutasyonları veya genetik dizideki ufak değişiklikleri aramak için kullanıyorlar.

Yorumlarınızı bekliyorum.